Vegetasi berperan penting dalam suatu ekosistem, yaitu sebagai pengatur keseimbangan oksigen, karbon dioksida, biologis tanah, hingga pengontrol tata air tanah. Adanya vegetasi memberikan dampak positif pada lingkungannya. Namun, pengaruhnya bervariasi tergantung dari komposisi dan struktur dari vegetasi tersebut. 

Lahan Basah Mesangat Suwi memiliki vegetasi khas hutan rawa air tawar yang terdiri dari beberapa komunitas tumbuhan. Paling tidak, terdapat 100 jenis tumbuhan dari 57 fameli yang telah teridentifikasi sebagai penyusun vegetasi LBMS. Keragaman jenis tumbuhan tersebut membentuk komunitas-komunitas dengan ciri masing-masing, di antaranya 

Hutan Rawa Air Tawar

Hutan rawa mempunyai karakteristik air yang selalu tergenang sepanjang tahun, sehingga lingkungannya selalu mendapat pasokan air saat musim kemarau. Kawasan hutan rawa mengandung permukaan tanah yang kaya akan mineral, didominasi perpohonan atau semak sesuai kondisi kehidupan di lahan basah. Sebagai ekosistem yang mempunyai nilai ekologis, hutan rawa air tawar mempunyai komunitas tumbuhan yang dapat beradaptasi dengan lingkungan sekitarnya. Komunitas hutan rawa air tawar didominasi oleh jenis pohon repeh (Mangifer gedebe) yang membentuk strata tajuk paling atas, bercampur perupuk (Malotus sumatranus), kenikara atau sempur (Dillenia excelsa) pada strata ke dua dan putat (Baringtonia acutangula), serta ketumbu (Ixora sp) pada strata bawahnya.

Hutan Riparian

Hutan riparan atau hutan tepi sungai bermanfaat untuk menjaga kualitas air sungai melalui pengaturan suhu air, sebagai pengendali erosi, hingga sedimentasi. Komunitas hutan riparian dapat dijumpai pada tepian sungai Mesangat dan Sungai Suwi. Pada musim berbunga, hutan riparian di bagian hilir sungai Suwi menyuguhkan keindahan warna warni berbagai bunga pepohonan, yaitu bungur (Lagerstroemia speciosa) dengan bunga cantik berwarna ungu, Kenikara (Dillenia excelsa) dengan bunga ukuran besar warna kuning terang dan kuncup berwarna merah marun. Bunga putat yang menjuntai dan yang berjatuhan memberikan warna merah pada sungai. Selain itu pohon beringin (Ficus spp), merupakan spesies kunci, yaitu pohon yang hampir selalu berbuah, sehingga menjadi sumber makanan bagi satwa dan burung saat jenis tumbuhan lain tidak berbuah. Buah-buah beringin juga menjadi pakan ikan patin yang dengan setia menunggu buah jatuh saat monyet atau tupai makan dan menjatuhkan sebagian buah-buah beringin.

Pada bagian hulu sungai Suwi yang lebih kering, komunitas hutan riparian lebih dicirikan oleh nangka air (Artocarpus elasticus), resak (Vatica rassak), kenanga (Cananga odorata), dan kenikara yang masih banyak dijumpai sampai ke hulu.

Berdasarkan hasil survei Balitek, hutan riparan termasuk habitat utama bagi Bekantan di lahan basah Suwi. Terdapat 12 jenis tumbuhan yang menjadi pakan Bekantan, seperti Litsea oppositifolia, Glochidion littorale Blume, Cayratia trifolia L. Domin, Mangifera gedebe Miq, Gardenia tubifera Wall, Crudia beccarii Ridl, Dillenia excelsa (Jack) Gilg, Garcinia sp, Ficus benjamina L, Ficus sp, Barringtonia acutangula (L.) Gaertn, dan Mallotus sumatranus (Miq.) Airy Shaw.    

Kumpai 

Kumpai atau komunitas tumbuhan terapung, biasanya terdapat pada perairan terbuka, sering membentuk pulau terapung dengan seluruh organ tubuhnya, baik daun, batang, akar, dan bunganya mengapung di atas permukaan air. Pada daunnya terdapat bulu-bulu halus guna mencegah tergenang oleh air. Kumpai dapat berfungsi sebagai pelindung ikan dari serangan ikan pemangsa maupun tempat menempelkan telurnya. Kumpai juga menjadi tempat bersarang bagi buaya Siam dan jenis burung air lainnya. 

Kumpai sering tersususn dari bakung (Hanguana malayana), bercampur dengan slingsing (Scleria terrestris), dan rumput tajam lainnya Hypolytrum nemorum, Cyperus compresus, Leersia hexandra dan herba lain seperti (Ludwigia adscendens).

Tumbuhan terapung lain seperti eceng gondok (Eichornia crassipes) dan paku air (Salvinia molesta) sering dianggap sebagai tumbuhan pengganggu atau gulma perairan. Gulam air yang tumbuh tak terkendali dapat menyebabkan cahaya matahari sulit masuk ke dalam perairan. Ikan pun sulit mendapatkan oksigen. Keberadaan gulma air banyak menjadi penyebab penyempitan dan pendangkalan lahan basah dan danau-danau di sekitar LBMS maupun di berbagai tempat lainnya.

Komunitas Tumbuhan Peralihan

Komunitas tumbuhan peralihan biasanya dijumpai di tepian danau yang berbatasan dengan daratan. Jenis paku-pakuan seperti Stenochaeta palustris, Cyclosorus interruptus dan Scleria sumatrana tumbuh pada bagian tanah yang basah. Pada area yang lebih kering biasanya ditumbuhi alang-alang (Imperata cylindrica) bercampur dengan Eupatorium odoratum dan Trema oriantalis. 

Belukar rawa

Belukar adalah tumbuhan yang memiliki ukuran sedang dengan percabangan berukuran sama dan muncul di atas tanah tanpa ada batang utama. Jenis-jenis mengkirai (Trema orientalis), leban (Vitex pinnata), dan putri malu (Mimosa pigra) umum dijumpai pada area yang sering terbakar. Putri malu merupakan jenis invasive yang tumbuh semakin meluas, menjadi ancaman bagi tumbuhan asli.